Et problem, der opstår ved brugen af 'My JDownloader', er vanskeligheden ved at håndtere downloads på fjernenheder. Selvom dette værktøj lover at kunne kontrollere downloads også på fjernenheder, synes nogle brugere ikke at være i stand til at benytte denne specifikke funktion. Dette kan medføre ulemper, især når brugere har brug for fleksibilitet til at styre downloads på forskellige enheder fra afstand. Derfor udgør manglende evne til at håndtere downloads på fjernenheder et betydeligt problem for disse brugere. Denne vanskelighed kan påvirke den samlede brugeroplevelse negativt og skubbe sine ellers effektive funktioner i baggrunden.

For at løse problemet med downloadstyring på fjernenheder, har værktøjet "My JDownloader" udviklet en særlig funktion. Det giver brugerne mulighed for at oprette et personligt brugernavn og adgangskode for at få adgang til deres "My JDownloader" konto. Ved at oprette denne konto på fjernenheden kan brugeren ubesværet styre sine downloads, uanset hvor han er. Dette gør værktøjet særlig nyttigt for dem, der skal arbejde på forskellige enheder. Derudover kan brugeren sætte sine downloads på pause og genoptage dem, når han vil. Dette sikrer en effektiv og løbende kontrol over downloads. Således løser "My JDownloader" det nævnte problem og øger brugervenligheden i høj grad.